Quando consideramos o conjunto das Ciências sob o ponto de vista de seus métodos e meios de investigação, encontramos em primeiro lugar as Ciências positivas. Seu objetivo é a pesquisa dos fatos e das leis correspondentes, através dos cinco sentidos físicos e da lógica; instrumentos rigorosos que permitem à Ciência conhecer o fenômeno até a sua teoria, ou seja, a sua causa próxima imediata.

Há também outro tipo de Ciências chamadas filosóficas ou metafísicas, cujo objetivo é o conhecimento das Causas Primeiras de todas as Coisas e Causa única de todas as Causas. Ela se baseia principalmente nas propriedades, faculdades e idéias fornecidas pela alma humana.

Existe um grande abismo entre ambas. Seus domínios são inteiramente opostos: as Ciências Positivas ocupam-se exclusivamente com os fatos e objetos concretos; as Ciências Filosóficas ocupam-se com tudo o que é imaterial por excelência. Seus métodos ou pelo menos suas tendências metodológicas, não são menos distintas: uma se eleva das observações mais positivas e materiais até as abstrações mais gerais – leis e causas gerais imediatas aplicáveis a cada classe de fatos; a outra, desde o início, deve se remontar a alguns princípios universais muito simples, os quais abrangerão suas explicações mais especiais, descendo do mais imaterial para o material.