Nasceu em 1575 na pequena cidade de Alt Seidenburg, distante uma légua e meia de Gorlitz, na Alemanha. Seus pais, Jacob e Ursula, eram luteranos, simples e honestos. O primeiro emprego do pequeno Jacob foi de pastor de ovelhas em Lands-Krone, uma montanha nos arredores de Gorlitz.

A única espécie de educação que teve foi recebida na escola da cidade de Seidenberg, que ficava a uma milha de sua casa. Aos catorze anos aprendeu o ofício de sapateiro. Em seguida, viajou pela Alemanha como artífice, sempre no mesmo ramo. Por volta de 1599, retornou a Gorlitz onde veio a ser um mestre em sua profissão. Casou-se com Katherine Kuntzschmann, com quem teve quatro filhos, a um dos quais ensinou seu ofício.

Relatou a um amigo que, durante o tempo de seu aprendizado, quando seu mestre estava ausente, viu entrar na sapataria onde trabalhava, uma figura de aspecto venerável, um estranho vestido de forma simples, querendo comprar um par de sapatos que já havia escolhido. Julgando-se incapaz de lidar com vendas, Böehme fez-lhe um preço muito alto, crendo que o estranho recusaria e ele não seria repreendido pelo dono, seu mestre. O comprador, entretanto, pagou o preço estipulado e se afastou. Após ter dado alguns passos para fora da oficina, chamou com voz alta e firme: “Jacob! Venha cá!”. O jovem, a princípio assustou-se ao ouvir aquele desconhecido chamá-lo pelo nome de batismo, depois, decidiu atendê-lo. O forasteiro, com ar sério mas amável, disse-lhe: “Jacob, você é ainda muito pequeno, mas será grande e se tornará outro homem, e será objeto da admiração de todos. Isto porque é piedoso, crê em Deus e reverencia sua Palavra, acima de tudo. Leia cuidadosamente as Santas Escrituras, nas quais encontrará consolo e instrução, pois sofrerá muito; terá de suportar a pobreza, a miséria e as perseguições; mas seja corajoso e perseverante, pois Deus o ama”. Em seguida, fixando-o bem nos olhos, apertou-lhe a mão e se foi, sem deixar qualquer indício.